1999年，某个东西(👘)被卡车运(👦)出(📗)了馆山(🌎)市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自(📌)卫队出(🏐)动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家(🎿)城茜（釈由美子 饰）意外害死(🎠)了(🚫)战友(🦗)叶(🔋)山二尉（(🐾)森末慎(🕳)二 饰），自己却侥幸活(🔺)了下来，并被派去了资料科。　　(🦂)另一方面，日本政府在柘(🚇)植真智子首相（水(🥢)野久美 饰(❕)）的指挥下，召集(📱)了汤原(🌘)德光（宅麻伸(🤸) 饰）等科学家开始研(💥)究对付哥斯拉的G兵器。他们以(💚)在(🎍)馆山冲挖(🛀)掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式(🍫)机龙(✋)。柘植首相辞职，由科学技术厅长官(⛎)五十岚(😰)隼人（中尾(🈶)彬 饰(🕑)）就任新首相。同时，茜被派(🔒)去(🥂)了(🔥)机龙(🐯)队(❓)，担任(🍝)机(🍬)龙的操(♒)作员。　　(🌥)就在准备机龙测试机动时，哥斯(🐰)拉又在东京湾出(🌫)现了。机龙赶赴现场与哥(Ⓜ)斯拉对战，却因哥(🔦)斯拉的吼(👎)声唤醒了体内的野兽灵(⏬)魂，突然暴(🌖)走，在城市中(🎱)造成了大破坏(⛑)。　　为了改(🏑)良机(🤸)龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱(🐈)构造(🤑)，使机龙不会(🗞)再受哥斯拉叫(🏤)声的干扰(🕥)。但由于对再次暴走的担(⬆)忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。　　哥斯拉再度出(💳)现(👲)在(🛷)东京湾，一(👉)路无视特(🈶)生自卫队的攻击来到了品(🕡)川，令城市变成了一片火(🍩)海(🕠)。面对如此情景，五十(🧤)岚终于同意(🥅)让机龙(🗯)出(😲)动。　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川(😭)。茜也抱着必(🔰)死的觉悟。机龙和(🐁)茜的战斗就这样开始(🥧)了(🚜)。